samtliga eukaryoter använder DNA-metylering som en form av genreglering för att påverka hur gener uttrycks och tros vara den epigenetiska mekanism med störst inverkan.
Hos eukaryota organismer är ungefär fem procent av genomet metylerat, men siffran kan variera mellan två och sju procent i olika vävnader. Bevisen för att DNA-metylering påverkar uttrycket av gener grundar sig på att det finns ett starkt omvänt samband mellan graden av metylering och graden av genuttryck – det vill säga ju mer DNA-sekvensen för en specifik gen är metylerad desto mindre uttrycker den sig, och vice versa.
Ett exempel på detta är de två x-kromosomerna hos honor bland däggdjuren, av vilka en är mycket inaktiv och har en högre grad av metylering än den andra. Inom den inaktiva x-kromosomen finns det dock mer aktiva sektioner, som också har en lägre grad av metylering än övriga delar.